肺部感染的常见致病菌种类很多，常见的是细菌感染引起的，如肺炎链球菌、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、革兰阴性杆菌等。铜绿假单胞菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯菌等也比较常见。

此外，非典型病原菌也较常见，如支原体、衣原体、军团菌等感染。

病毒感染病原体也很多，如鼻病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒等，部分患者还可因结核杆菌感染而引起结核病，还有真菌感染。例如念珠菌、曲霉菌等。

当发生肺部感染时，需要根据患者的临床症状、基本情况、肺部影像检查等，及早做好病原学检测，以便更好地给予相应的抗感染和对症治疗。