燃料电池根据其工作温度的不同而有所不同。碱性燃料电池（AFC，工作温度为100℃）、固体聚合物质子膜燃料电池（PEMFC，也叫质子膜燃料电池，工作温度为100℃）和磷酸燃料电池（PAFC，工作温度为200℃）称为低温燃料电池；熔融碳酸盐燃料电池（MCFC，工作温度为650℃）和固体氧化燃料电池（SOFC，工作温度为1000℃）称为高温燃料电池，高温燃料电池也称为燃料电池共同开发的电池，可实现高品质排气。另一种分类是根据其发展的先后顺序，PAFC称为第三代燃料电池，MCFC称为第二代燃料电池，SOFC称为第三代燃料电池。这些电池都需要使用可燃气体作为发电的燃料。