这次兵变，是南宋抗金斗争的一个转折点。兵变打击了主张和支持皇帝南逃的投降派势力。它表明妥协逃跑不得人心，标志着人民抗金力量的兴起。

兵变促使南宋政权进行政治整顿。赵构后来就着手整顿、制订一些必要的制度和措施。

首先，纠正北宋遗留下来的问题，重定赏罚标准，以解决统治阶级内部矛盾。并废除宋徽宗时打击反对王安石变法的朝廷重臣的政策。其次，减轻人民的经济负担，缓和阶级矛盾。第三，限制宦官的权力。第四，调整部分官制，合并了一些机构，以适应抗金战争的需要。

苗、刘之变是构成赵构最终收缴兵权、向金人妥协求和的一个因素。

赵构本来就惧怕地方武力和将领拥兵坐大，这次的政变更成了赵构心中挥之不去的阴影，也加强了他这番心理，使赵构终其一生都不再信任武将，且频繁调度将领，达到“兵不识将，将不识兵”的目的，从而使南宋重文轻武的情形加剧。

甚至因为苗傅拿徽钦二帝仍在北方来质疑赵构皇位的正统性，并以此为主要理由要求赵构退位，更加深了赵构对此事的耿耿于怀，对于他往后排斥北伐、倾向与女真和议也有一定程度的影响。

而岳飞等主战派将领“收复河山，迎回二帝”的口号使得赵构对其更加心存芥蒂，而岳飞本人却不合时宜地多次提到立嗣之事，使得君臣之间产生嫌隙，这也是日后岳飞被杀、主战派失势的重要原因。

兵变平息后不久，赵构唯一的儿子、皇太子赵旉因病不幸夭折，年仅三岁，谥号“元懿”。而赵构在所谓“建炎南渡”途中因故失去生育能力，再也不能生下子嗣，导致其更加不愿北伐金国，因为这样一来，只要宋钦宗回朝，他作为非正常程序登基的“僭主”，地位将岌岌可危，极有可能会被迫让出皇帝之位，而宋太宗一脉的赵氏子孙都在靖康之变中被掳往金国，此时的赵构已经无嗣可立。

绍兴二年（1132），赵构不得不立已经成为宗室远支，与平民几乎无异的宋太祖七世孙赵伯琮、赵伯璩为皇子。

绍兴五年（1135）四月，宋徽宗病死。

绍兴十二年（1142）正月，赵构如愿与金国议和，对其称臣纳恭，史称绍兴和议，并将徽宗和妻子显肃皇后郑氏、钦宗之妻仁怀皇后朱琏、自己的妻子宪节皇后邢秉懿等已故赵宋皇室成员的灵柩迎回，在世的生母韦贤妃也同时迎回，却唯独不敢迎彼时同样健在、自称只愿做太乙宫宫主的钦宗回朝。

绍兴二十六年（1156）六月，宋钦宗病死。

绍兴三十一年（1161），钦宗死讯传到南宋，赵构表面悲痛，内心则窃喜。

绍兴三十二年（1162）五月，赵构立赵玮（伯琮）为皇太子，改名赵昚，并于次月禅位为太上皇，赵昚即是宋孝宗，宋朝皇位时隔近二百年后终于回到太祖一脉。