溃疡性结肠炎的首选药物，首先是氨基水杨酸类制剂，他在溃疡性结肠炎的治疗当中非常重要，而且用料是相对安全的，但也有一些不良反应，包括恶心，头晕等不适，还有部分病人会引发过敏反应或粒细胞减少的情况，所以服用五氨基水杨酸类制剂的患者要定期的监测血项。
重症的溃疡性急肠炎的患者还需要做升阶梯的治疗，加用激素这样的调节免疫反应，抑制免疫炎症的治疗，如果在激素治疗的基础上当疾病的活动期缓解后，还需要在基础上加用免疫抑制剂来进行维持治疗的用药。